Они состоит из перфорированной поливинилхлоридной пластины, которую кладут на дно под слой грунта, и системы циркуляции воздуха (эрлифта), приводящей в движение воду. Она проходит сверху вниз через слой грунта, затем через пластину и возвращается в аквариум. Фильтровальным материалом служит песок, который отцеживает взвеси, а населяющие его бактерии окисляют азотистые вещества.

Основное преимущество такого фильтра – дешевизна, но у него много недостатков. Его надо класть на дно до заполнения аквариума, и заменить потом пластину, не разрушив декорации, трудно. Грунт более или менее быстро (в зависимости от размера зерен) забивается мульмом – это замедляет циркуляцию воды и может нарушить круговорот азота. Кроме того, самые крупные взвешенные частицы просто скапливаются поверх песка и требуют регулярного отсасывания.

Следует также отметить, что некоторым растениям противопоказан создаваемый такой фильтрацией усиленный дренаж почвы, окружающей их корни.

Очень модные в 1980-е донные фильтры сейчас вытесняются другими системами. Тем не менее они сохраняют популярность среди начинающих и удобны в аквариумах объемом не более 100 л, особенно временных, например предназначенных для размножения рыбок. Кроме того, они быстро очищают мутную воду, затягивая током воды в слой грунта мелкие взвешенные частицы.