Для «предфильтрации», то есть улавливания самых крупных частиц используют слой песка, гравия, дробленой пемзы. Все это хорошие субстраты для развития бактерий. К тому же они практически не засоряются и не задерживают циркуляцию воды.

Аналогичную роль играет известняк, который вдобавок медленно выделяет в воду карбонат кальция, повышая тем самым ее жесткость, что, впрочем, противопоказано большинству пресноводных аквариумов. Вместо горной породы можно использовать размолотые (а потом тщательно промытые) раковины устриц, этот порошок улавливает самые тонкие взвеси.

Активированный уголь поглощает растворенные вещества, способные окрашивать воду в желтоватый цвет. Этот пористый материал обеспечивает очень эффективное фильтрование и служит хорошим субстратом для бактерий, но, к сожалению, быстро «изнашивается» и требует регулярной смены. В морской воде его использовать нельзя – он удерживает полезные элементы.