Многие аквариумные рыбы происходят из различных заводей больших и малых проточных водоемов, озер и болот. Зачастую средой обитания рыб в таких водоемах служат заросли нежных перистолистных водных растений. Там, где их нет, убежищем для рыб и животных, которыми они питаются, являются свисающие в воду листья наземных растений. Глубина некоторых маленьких ручьев составляет лишь несколько сантиметров. В текущих по камням ручьях с сильным течением рыбы или живут в заводях, образованных камнями, или же имеют плавники или рыло в форме присосок, с помощью которых они могут держаться за камни. Крупные ручьи и реки имеют многочисленные биотопы с различными текстурами, в которых рыбы находят обильный рацион и защиту от хищников.

Прежде всего, в бухтах, а в период дождей – и в заливных зонах дно водоемов покрывает слой палой листвы, достигающий порой полуметровой толщины, в котором обитают многие виды рыб. Каменистые пороги или довольно глубокие участки с песчаным дном и вросшими в него камнями или сухостоем также являются разновидностями биотопов с множеством убежищ. Большие озера Восточной Африки Малави и Танганьика представляют собой совершенно особенные биотопы, и рыбы, которые их населяют, встречаются по большей части только там, т. е. являются эндемиками. Для аквариумистики важны, прежде всего, виды из скальных и песчаных биотопов, а также пелагические виды.

Самые красивые аквариумы обычно те, в которых для их тропических обитателей воспроизведен естественный биотоп.

Наконец, родина многих видов аквариумных рыб – мангровые районы и болота с солоноватой водой (такая вода – некий переходный вариант между пресной и морской водой). Подобные биотопы напоминают воды заросших застойных участков крупных рек, с тем отличием, что в них произрастают толерантные к солоноватой и болотной воде растения.

Каждый биотоп предъявляет свои требования к строению тела, экологии и поведению рыб. В течение миллионов лет у различных видов выработались разные способы адаптации. В соответствии со своими видовыми способами адаптации и специализации каждая особь полностью проявляет свой образ жизни только в определенных условиях. Специалистам среди них подходит только очень узкий диапазон условий жизни, тогда как генералистов удовлетворяет широкий спектр. Аквариумные рыбы, которых рекомендуют для содержания начинающим, в основном являются генералистами. Однако некоторые виды, в том числе такие, например, очень популярные, как красный неон (Paracheirodon axelrodi), требуют в аквариуме особого водного режима и среды обитания. Тем не менее, и специалисты, и генералисты являются «удачными моделями эволюции», поскольку они на протяжении длительного периода геологического развития закрепились в своей окружающей среде.